一、可作為培養料二次利用。以平菇廢料栽培草菇為例，平菇以利用纖維材料中的木質素和半纖維素為主，很少消耗纖維素。因此，在平菇菌床廢料中，纖維素的含量相對地較高，正好滿足草菇的營養要求。其方法是，栽培平菇的培養料在采完菇后將其菌塊打碎，曬干保藏。堆制草菇料時，在100公斤廢料中加新棉籽殼20公斤，干牛糞20-30公斤、尿素0.5公斤、石膏粉1.5-2公斤、過磷酸鈣1公斤，按常規法堆制，堆制時間可縮短2-3天，翻堆減少1次，出菇提前2-3天，與糞草堆肥的產量大致相同。 

    二、可作沼氣池的原料。用棉籽殼、稻草、鋸末作培養料栽培食用菌，其殘渣經菌絲分解，更易被沼氣發酵微生物利用，可加速沼氣發酵微生物對它的分解，提早產氣，產氣率更高。

    三、可作菌糠飼料。食用菌具有較強的分解能力，利用秸桿作培養料栽培的食用菌廢料中，粗纖維降解50％，木質素降解30％，因廢料中含有大量的菌體蛋白，所以粗蛋白的含量由原來的2％增加到6％-7％，脂肪的含量也增加1倍左右。經過菌絲的分解作用，秸桿材料表面的角質層和硅細胞組織以及纖維的結晶結構均遭受破壞，呈疏松多孔狀，降低了機械強度，易于粉碎，氣味芳香，適口性好，提高了營養價值。用來飼養豬、牛等牲畜，比米糠更好，可以達到玉米的飼用效果。菌糠飼料可以直接喂豬、牛，也可以放在青飼料打漿機中打成漿，再摻入其它飼料，也可不加工直接與其它飼料混合。

    四、可作有機肥料。培養料殘渣所含養分，有菌絲不能直接利用的成分，菌絲的代謝產物和菌絲體分解后的菌蛋白等。據分析，每噸殘渣約含氮10公斤，磷1公斤，鉀10公斤，且碳氮比值小，養分處于速效狀態，易被作物吸收利用。每畝施入培養料殘渣3000-4000公斤，可使玉米增產10％以上，小麥、大豆增產30％左右。在農田施用培養料殘渣，不但可提高土壤肥力，還有助于改善土壤理化性狀，促進土壤團粒結構的形成，增強土壤持水力和通透性。代謝產物中的有機酸類等物質還能刺激根際固氮微生物的生長，有些代謝產物則對有害微生物的生長有抑制作用，是一種很理想的“菌肥”。