一、菌袋污染 造成大部分菌袋污染的直接原因是滅菌不徹底。在適宜的水分、溫度條件下，菌袋內沒有被殺死的雜菌開始繁殖，開始星星點點地分布在菌袋上，后來擴展成片。導致滅菌不徹底的原因：

（一）拌料時培養料沒有吸透水，料內有生心，尤其是木屑、玉米心等質地較硬的培養料易發生這種情況。

（二）在滅菌過程中沒有排盡冷空氣，滅菌鍋中始終被冷空氣占據一部分，導致熱循環不良。

（三）滅菌時間不足，或在滅菌過程中出現停火，或滅菌鍋內菌袋擺放過多過緊，均會出現滅菌不徹底的問題。

　二、菌絲生長緩慢 

（一）菌種活力弱可造成菌絲生長緩慢。一定要到規模較大、信譽良好的單位購買菌種。菌種適宜菌齡為30～40天，菌絲潔白、濃密、粗壯，表明生命力強。

（二）菌袋裝料過緊或含水量過高（高于65％），菌袋內由于沒有充足的氧氣，抑制了菌絲的生長速度。

（三）發菌溫度過低，如小于20℃，且通風不良或培養料的酸堿度不適宜（適宜的pH值為7左右），也會造成發菌緩慢。